Los vestigios arqueológicos más antiguos de Colombia han sido encontrados en la región Andina. Sin embargo, las costas de los dos océanos, Atlántico y Pacífico, y los valles de los ríos, constituyeron los sitios por donde se inició la exploración y el posterior poblamiento del territorio colombiano.
Fueron diversos y variados los lugares que habitaron. Restos de aquellos antiguos pobladores se encontraron a lo largo de la costa Caribe, en las cuencas y valles de los ríos Magdalena y Cauca, y las tierras de los Andes orientales. Así mismo los primeros pobladores de Colombia habitaron las tierras bajas de la Amazonia y desde allí se difundieron hacia la costa Pacífica.
En términos generales, los desarrollos prehistóricos culturales indígenas se acostumbran subdividir en varias grandes etapas. La primera, la de los paleoindios, cazadores nómades aún contemporáneos de los grandes mamíferos hoy desaparecidos, tales como los mastodontes y otros. Este largo período fue seguido por la "Etapa Arcaica", caracterizada por cazadores de presas menores, recolectores y, tal vez, agricultores incipientes, pero sin conocer aún la alfarería. Sigue luego la "Etapa Formativa" la cual, como su nombre lo indica, culmina en la formación de instituciones socio-culturales más complejas o sea los Estados, es decir, la "Etapa Clásica" de las grandes civilizaciones americanas, por ejemplo los mayas, los aztecas y los incas. En el caso colombiano se puede hablar más bien de cacicazgos o sociedades preestatales como lo eran los taironas (en la costa norte de Colombia) y los chibchas o muiscas (en el centro del país). La "Etapa Formativa" es, pues de una importancia fundamental en ésta evolucionan la agricultura, las tecnologías (alfarería, metalurgia, etc.) y, con éstas, la organización social, políticas económica y religiosa.
Un descubrimiento significativo fue el de un yacimiento arqueológico en la costa de Barlovento, a poca distancia, al noreste de Cartagena, en la Costa Norte de Colombia. Allí se encontraron, en 1954, varias grandes acumulaciones de conchas de moluscos marinos desechados por los antiguos indios de la región, mezclados con fragmentos cerámicos y utensilios de piedra, ambos de estilos enteramente nuevos. El análisis de carbono radiactivo hallado en este conchero, el primer sitio de este tipo descubierto en territorio colombiano, dio fechas alrededor de 1.500 años antes de Cristo.
El próximo hito fue el descubrimiento, a comienzos de la década de los 60, de los concheros de Puerto Hormiga (hoy Puerto Badel), sobre el canal del Dique, con cerámicas y otros artefactos fechados con una antigüedad de hasta 3.100 años antes de Cristo. Este complejo cerámico representaba una cultura aborigen fuera de todo lo conocido en la prehistoria del país; la arcilla de las vasijas estaba mezclada con abundantes fibras vegetales, y los antiguos alfareros las habían decorado con adornos modelados y dibujos incisos, con un estilo muy propio.
No obstante los vestigios de una estructura aborigen organizada se sitúa en la zona central del País con la cultura Chibcha o Muisca (que significa gente). En la actualidad los estudiosos coinciden en que el grupo humano muisca inmigró hacia el Altiplano Cundiboyacense en una época comprendida entre el 5500 a. C. y el 1000 a. C., es decir, durante el periodo preclásico por las numerosas evidencias arqueológicas encontradas en sitios como Aguazuque y Soacha. Como todas las culturas del preclásico, los mismos estaban en una transición entre cazadores y agricultores.
Desde 1500 a. C. arribaron a la región grupos de agricultores portadores de tradiciones cerámicas incisas provenientes de las tierras bajas que inician la ocupación a través de los valles de vertiente. Estos grupos tienen viviendas permanentes y campamentos estacionales. Entre sus actividades económicas se destaca la explotación de fuentes de aguasal. En el sitio de Zipacón son reconocibles las evidencias de agricultura y alfarería más antiguas de la altiplanicie, y datan del 1270 a. C.
Los chibchas., también llamados muiscas, constituían la población indígena del altiplano central de Colombia. La región focal de su cultura se encontraba situada alrededor de Bogotá, que contaba con unos 100.000 hab. Esta historia la representan los linajes zipa y zaque empeñados en luchas por el poder, y en muchos casos contra los panche. Los muiscas parecen tener su origen en alguna región tropical próxima.
Cuando los españoles llegaron al actual territorio colombiano, el pueblo indígena más adelantado era el de la Cultura Chibcha o Muisca del Altiplano Cundiboyacense. Se considera que este pueblo alcanzó el grado de desarrollo cultural más importante entre aborígenes de Suramérica Septentrional.
La base de la sociedad chibcha era la familia, varias familias formaban los clanes y varios de éstos, las tribus. Pagaban los tributos a los caciques, en oro, alimentos, mantas o trabajo. La transmisión del poder se hacía por un sistema típicamente matrilineal, heredaba el sobrino, el hijo de la hermana del cacique, pero entre el pueblo la organización era partilineal. La herencia de propiedades personales también era partilineal. El matrimonio era comúnmente monógamo, pero las clases altas practicaban la poligamia, hasta el extremo de que algunos jefes tenían hasta 100 esposas. En los matrimonios poligámicos el hombre vivía por separado de sus esposas; éstas, en cambio, habitaban juntas en la misma vivienda. La adquisición de esposa se hacía mediante el pago de una cantidad acordada entre los padres de la mujer y su pretendiente.
Las leyes principales de los Chibchas, dadas por el antiguo legislador Nomparem, se reducían a cuatro: no matar, no mentir, no hurtar y no quitar la mujer ajena. El Zipa Nemequeme reformó estas leyes estableciendo la Ley del Talión (ojo por ojo, diente por diente). El sistema penal de los Chibchas era uno de los más severos de los pueblos aborígenes americanos
En el área de la meseta cundiboyacense, los Chibchas se dividían en los siguientes cacicatos: Bacatá (Dominio del Zipa), Hunza (Dominio del Zaque), Guatativa, Susa y Tundama. Tenían una estructura familiar aldeana bajo la imagen de un useque (caciques). Los grupos sociales estaban diferenciados de acuerdo a las actividades que cumplían en las aldeas. Existía un tipo de estratificación social, en que los caciques y sus familias formaban un estamento superior privilegiado, también influían los sacerdotes o jeques y los guechas o guerreros. En las decisiones político-administrativas y militares, los caciques estaban asistidos por un concejo de representantes de los cacicatos y en algunos casos por los Uzaques o caciques de alta jerarquía. Después del grupo de privilegiados y dirigentes seguía el pueblo jerarquizado según el trabajo que realizaba en grupos la mayoría del pueblo, formado por artesanos, comerciantes y campesinos. De últimos en la escala social estaban los esclavos, que generalmente eran prisioneros de guerra.
Alcanzaron notables avances en las técnicas de la agricultura. Cultivaban maíz, papa, batata, fríjol, tomate, quina, algodón y tabaco. Utilizaban las terrazas para cultivos y planificaron la agricultura según un calendario y observaciones meteorológicas y climáticas.
Una de las actividades importantes fue la alfarería su cerámica fue variada y de gran calidad. Se destacan sus figuras antropomorfas, utensilios de cocina, vasijas de barro, adornos, entre otros.
Desarrollaron una industria de tejidos con una gran variedad de fibras vegetales, principalmente de algodón y fique. Cada familia tenía su telar, el huso y los torteros para hacer sus hilados. También fue importante la industria plumaria y la de las pieles de los animales que cazaban.
Explotaron minas de sal, además del uso doméstico, la sal sirvió para el trueque. También conocieron el carbón mineral, que fue utilizado principalmente por los Chibchas de Sogamoso. Los Muiscas ejercían el comercio por medio del trueque, cambiaban sal, mantas pintadas y esmeraldas por el oro en polvo y algodón. Existían unos tejuelos redondeados de oro fundido, que facilitaban las transacciones comerciales de dicho metal
La orfebrería, fue perfeccionada con variadas y complejas técnicas metalúrgicas como los trabajos en "tumbaga" y la fundición a la cera perdida. Se distinguen las bellas representaciones antropomorfas y zoomorfas de los tunjos u ofrendas propiciatorias a las deidades. La diversidad de adornos en oro para los caciques y señores principales y los adornos para las residencias, eran muestra de gran belleza. Utilizaron también el cobre, para la elaboración de figuras antropomorfas y bastones ceremoniales, e hicieron narigueras, zarcillos, pectorales y otros objetos en cobre.
Los Chibchas tuvieron una religión organizada alrededor de un conjunto de dioses. Sus ritos incluían sacrificios humanos. Las principales deidades tenían que ver con el sol (Sué), la luna (Chia) y el agua (Sía), creían en Chiminigagua, el dios creador y autor de la luz. El culto a Sué se hacía principalmente en Sogamoso "la ciudad sagrada". A Chía también se le rendía culto y creían en Bachué, la diosa madre del género humano. Estaba el Dios civilizador Bochica, quien les enseñó las artes y oficios.
Los Chibchas respetaban profundamente los lagos, montañas y rocas, consideraban que los espíritus estaban vinculados a los fenómenos físicos, ríos, montañas y lagunas. Los sacerdotes, llamados Jeques, se educaban durante 12 años en los Cucas, seminarios dirigidos por los ancianos. Los principales templos se encontraron en Sogamoso, Baganique, Fúquene y Guachetá; también los había en Guatativá, Chía y Bogotá. Utilizaron los tunjos como ofrendas a sus dioses. Conocieron la técnica de momificación de los muertos, lo cuales se practico principalmente a los caciques.
